Как я понимаю, основное обоснования присоединения - это независимость. Это юридическая сторона вопроса - прежде всего, мы присоединяем независимую территорию. Крым объявил о своей независимости и может делать что захочет - например, попроситься в состав какой-нибудь страны.
А референдум - это лишь обоснование почему хотят присоединиться и почему мы идем этому желанию навстречу. Типа, весь народ в едином порыве захотел жить в составе России.... Ну, и "картина" для всего остального мира.
Референдум здесь не главное. Он, более, для того, чтобы показать что же происходит в Крыму. Ну, и дать дополнительные карты в руки тем, кто хочет присоединить. Теперь, на вопрос, "А почему Вы присоединили независимый Крым?", есть ответ "Народ захотел!". Пазлы совпали: Крым обрел независимость, а у нас, недавно, появился закон что мы можем присоединять к себе другие территории. Главное, что мы не сомневаемся в легитимности референдума. Легитимность чего бы то ни было - это наше дело. Имеем право.
И, в мире, много территорий, чей статус спорен, непризнан и даже непонятен. И ничего - живут! Вот и Крым - не признают, но присоединим. Делов-то!